از نام بازی مشخص است که در آن با چه داستانی باید روبرو باشیم. باز هم حمله بیگانه ها که در بازی های استراتژی بارها و بارها به آن پرداخته شده در این بازی هم مورد توجه قرار گرفته است. بازی در آینده ای نه چندان دور رخ می دهد که بیگانه ها به حمله ای وسیع به کل سیاره زمین دست می زنند و کشورهای مختلف برای مبارزه با آن ها تشکیلاتی به نام XCOM را برپا می کنند. XCOM بزرگترین تشکیلات نظامی ای می شود که انسان ها تا این لحظه در تاریخ به وجود آورده اند و از طرف دیگر این پایگاه برای آن ها از اهمیت بسیار زیادی برخوردار است.

اینجا یک مکان نظامی، تحقیقاتی است که تمام تکنولوژی های جدید برای مبارزه با بیگانه ها در آن آزمایش و تولید می شوند. بازیکنان در Enemy Unknown به عنوان فرمانده مرکز XCOM انتخاب می شوند و وظیفه دارند که قدرتمندانه با بیگانه ها مبارزه کنند و دنیا را نجات دهند. در طول بازی میان پرده ها و صحنه های سینمایی جالبی هم طراحی شده اند که دیدن آن ها در یک بازی استراتژی بسیار هیجان انگیز و زیبا است. از طرف دیگر، کنترل نزدیک روی شخصیت ها نیز باعث می شود تا ارتباط بیشتری با بازی و داستان آن برقرار کنید.